Manfred Flügge studierte von 1965 bis 1974 Romanistik und Geschichte an den Universitäten Münster und Lille. 1974 promovierte er an der Universität Münster zum Doktor der Philosophie. Anschließend wirkte er als Referendar in Hagen und von 1976 bis 1990 als Dozent und Assistenzprofessor an der Freien Universität Berlin, wo 1981 seine Habilitation erfolgte.

Erste Publikationen erschienen ab 1977 in der ZEIT und diversen Literaturzeitschriften. Seit 1990 arbeitet Flügge fortan als freier Autor. Er verfasst Romanen, Erzählungen und Biografien, schreibt viel für den Rundfunk, Kindergeschichten und Features, sowie Artikel und Rezensionen für diverse Zeitungen (Tagesspiegel, Berliner Zeitung, Die Welt). Daneben übersetzt er aus dem Französischen.

Hauptwohnsitz von Manfred Flügge ist Berlin, weitere Ersatzheimaten sind Los Angeles, Sanary-sur-Mer, diese oder jene Ecke der Schweiz und Paris.