Nach seiner Schulausbildung studierte Jacobsen in Göttingen und Berlin Germanistik, Anglistik, Theaterwissenschaft und Kunstgeschichte. Seit Anfang der 1980er Jahre ist er Redakteur bei den Internationalen Filmfestspielen Berlin, Mitarbeiter von CineGraph Hamburg und der Deutschen Kinemathek. Dort ist verantwortlich für Publikationen und Veranstaltungen. Derzeit ist Jacobsen Leiter der Bereiche Forschung und Publikationen. Von 1991 bis 2002 war er konzeptionell und organisatorisch für die filmhistorischen Retrospektiven und Hommagen der Internationalen Filmfestspiele Berlin verantwortlich. Er kuratierte Ausstellungen, u. a. 1987 "Film...Stadt...Kino...Berlin" im ehemaligen Hotel Esplanade in Berlin (zur 750-Jahr-Feier Berlins, zusammen mit Uta-Berg-Ganschow), 1997 "G. W. Pabst" im Literaturhaus Berlin und "Kino. Movie. Cinéma" im Martin-Gropius-Bau zum 100. Geburtstag des Films zusammen mit Werner Sudendorf. Er ist Kurator mit Werner Sudendorf und Hans Helmut Prinzler der Dauerausstellung des Filmmuseums Berlin, heute Museum für Film und Fernsehen.

Er war Mitarbeiter der "Reihe Film" und Herausgeber der Zeitschrift "FilmExil", die 2005 eingestellt wurde. Von 1989 bis 2008 war er Mitherausgeber der CineGraph-Buchreihe (bis 2008: 19 Bände). Derzeit ist er zusammen mit Rolf Aurich Herausgeber der Buchreihen "Film & Schrift" zur Geschichte der deutschen Filmkritik (17 Bände, Stand 2014) und "Filit", die sich in essayistischer Form den Schnittpunkten von Film mit anderen Künsten widmet (11 Bände, Stand 2014). Er ist Autor zahlreicher Rundfunkfeatures zu Film und Literatur und zusammen mit Martin Koerber und René Perraudin Autor der Dokumentarfilme "Pabst wieder sehen" (Arte 1997) und "Otto Preminger" (Arte 1999).