Elfi Mikesch machte nach dem Schulabschluss eine Ausbildung zur Fotografin und begann sich als Malerin zu betätigen. 1971 drehte sie mit Leidenschaften, dem Ergebnis einer Weltreise mit Fritz Mikesch und Rosa von Praunheim, ihren ersten Film. 1972 war sie für Maske und Kostüme von Werner Schroeters Salome verantwortlich. Es folgten weitere Fotoserien und Dia-Shows, bevor sie sich seit etwa 1980 als Spezialistin für Experimentalfilme einen Namen machte, bei denen sie auch selbst Regie führte. Daneben arbeitete sie als Dokumentarfilmerin für das ZDF und als Kamerafrau für ambitionierte Regisseure wie Rosa von Praunheim, Werner Schroeter, Peter Lilienthal und Monika Treut, mit der zusammen sie 1984 die Firma Hyäne/Hyäna Film mit Sitz in Hamburg gründete.

1983/84 lehrte sie an der Deutschen Film- und Fernsehakademie Berlin im Fach Regie und gründete 1984 mit Monika Treut die unabhängige Produktionsfirma Hyena Films. Seit 1991 ist sie Mitglied der Akademie der Künste Berlin, Sektion Film- und Medienkunst. 2010 erhielten Elfi Mikesch und der Filmemacher Werner Schroeter den Bielefelder Friedrich Wilhelm Murnau-Filmpreis. Elfi Mikesch lebt und arbeitet heute in Berlin.