Christian Wagner studierte ab 1981 Germanistik, Theaterwissenschaften und Psychologie in München. Nach drei Ablehnungen an Filmhochschulen entschloss sich Wagner, als Autodidakt Filme zu drehen. 1982 gründet er die Christian Wagner Filmproduktion, mit der er bis heute all seine Projekte realisiert und Kurzfilme inszeniert. Seinen ersten langen Super 8-Film Der Prophetor hatte er schon als Gymnasiast realisiert; 1982/84 folgte Eingeschlossen frei zu sein auf 16 mm, der mehrfach mit Preisen ausgezeichnet wurde. Der Durchbruch gelang Christian Wagner mit seinem Kinodebüt Wallers letzter Gang, bei dem er für Drehbuch, Regie und Produktion verantwortlich war.

Im Jahr 1985 ruft er gemeinsam mit anderen Filmschaffenden – darunter Nico Hofmann und Jan Schütte, Werner Penzel, Nico Humbert, Donatello u. Fosco Dubini – die unabhängige Verleihkooperative Der andere Blick ins Leben. Heute lebt er als Produzent, Regisseur und Dozent (Filmakademie Baden-Württemberg, Filmschule Köln, Workshops für Goethe-Institute weltweit) in München. Christian Wagner ist Mitglied bei der Europäischen Filmakademie EFA und bei der Deutschen Filmakademie.