Thomas Köner studierte von 1985 bis 1990 elektronische Musik am CEM-Studio in Arnheim. Von 1987 bis 1992 folgte ein Studium an einem Konservatorium in Dortmund. Im Jahr 1990 erschien sein erstes Album Nunatak Gongamur. Zwischen 1992 und 1994 war Köner bei den RuhrSound Studios in Dortmund angestellt. Gemeinsam mit dem Klangkünstler Asmus Tietchens gründete er das Projekt Kontakt der Jünglinge, das seit 2001 mehrere Alben und EPs veröffentlichte.

Köner kombiniert in seinen Werken oft visuelle mit auditiven Erfahrungen. Seit 1995 ist er als freischaffender Künstler in den Bereichen Klang, Installationen, Film, Musik, Video, Theater und Radiokunst tätig.