Ilija Trojanow floh mit seiner Familie 1971 über Jugoslawien und Italien nach Deutschland, wo sie politisches Asyl erhielten. 1972 zog die Familie weiter nach Kenia. Von 1985-89 studierte Trojanow Rechtswissenschaften und Ethnologie an der Universität München. In München gründete er auch 1989 den Kyrill & Method Verlag und 1992 den Marino Verlag, die beide auf afrikanische Literatur spezialisiert waren. 1999 übersiedelte Trojanow nach Mumbai – in den folgenden Jahren beschäftigte er sich intensiv mit Indien.

Ilija Trojanow ist seit 2002 Mitglied des Pen-Zentrums Deutschland. Von 2003 bis 2007 lebte er in Kapstadt. Für die taz verfasst Trojanow im Wechsel mit mehreren anderen Autoren seit 2006 die wöchentliche Kolumne Das Schlagloch. 2007 war er Mainzer Stadtschreiber. Im November desselben Jahres war Trojanow im Rahmen der Tübinger Poetik-Dozentur Dozent an der Universität Tübingen. Im April 2008 kuratierte er das Literaturfestival RE ASIA – Avatar. Asiens Erzähler im Berliner Haus der Kulturen der Welt. Seit 2008 ist Ilija Trojanow Herausgeber der Buchreihe Weltlese. Lesereisen ins Unbekannte, in der er unentdeckte Autorinnen und Autoren und ungewöhnliche oder vergessene Texte veröffentlicht. Heute lebt er in Wien.